И не подружите
Для 2002 версии используйте STS, для 2003 WSS.
А вот далее уже можете интегрировать в виде Web Part в Portal (есть такая возможность в Project'e.
Сайт проектов цепляются к SPPS стандартым способом, в руководстве WSS/STS это описано.
Иначе будет то, что есть.
Кстати, физически продукты как размещаете ? Заранее скажу, что SPPS с WSS или STS на одной машине не жильцы, ни при каких обстоятельствах
