КУ
Андрей, вам необходимо сконцентрироваться на продукте (я бы сказал, решении, поскольку есть несколько заказчиков). Предположим, вы делаете CRM. Требования у заказчиков - разные. Рамки проекта - разные. Риски - разные. Структура даже будет своя в каждом проекте. Например, один заказчик хочет базу, и все. А второй хочет базу + еще немного и еще обучение. Это несколько проектов.
Вы можете делать одно ядро (внутри среды проекта), но обвязка будет для каждого заказчика - своя. Смотрите жизненный цикл продукта и жизненный цикл проекта. В данном случае, особое внимание необходимо уделить коммуникациям - все заказчики должны знать, что делается общее ядро и потом оно дорабатывается. Не пытайтесь скрыть ни буквы от stakeholders. В проектах нужно играть в открытую. Это снижает риски.