Уточнения
Я полагаю, что мы обсуждаем Project Server 2003 + Windows SharePoint Services 2.0? Правильно?
Тогда, когда Вы ставили Project Server после установки Windows SharePoint Services (WSS), Вы указали в мастере установки веб-сайт, который будет использоваться только Project Server'ом. Если да, то именно на него копируются специальные шаблоны для Project Server'а.