Попробуйте инструмент мониторинга
Ярослав,
Не зная архитектуры Вашей системы, могу преложить помониторить ее с помощью майкрософтной утилиты специально для Проджекта Project Server Health Monitor. Описание и ссылка на загрузку в главе Project Server 2003 Administrators Guide
книги
Microsoft Office Project Server 2003 Online Books (Resource Kit) по адресу
[]
Собственные догадки таковы: при работе напрямую с SQL происходит прямая запись проектных данных в таблицы MSP_Название таблицы. При работе через Project Server помимо записи в SQL'ные таблицы с префиксом MSP_ генерируются также представления проектных данных, которые пишутся в таблицы MSP_VIEW, плюс к тому идет запись в таблицы MSP_WEB. А если Project Server установлен "на одной коробке" с SQL'ом, то вот и причина такой медленной работы.