STS в конфигурации для Проджекта не работает с SPS на одной и той же машине
Я не занимался конфигурированием 2 виртуальных IIS, может можно помирить SPTS сконфигурированный для проджекта и SPPS на одной машине под W2003. Однако по умолчанию они вместе не дружат. (разные учетные записи требуются при установке продуктов )
Установите SPPS на другой машине и все будет ОК.