В стандартной поставке единственный вариан - удалить дочерний веб-узел
...разумеется все очень важное сохранить, а потом поэлементно заново опубликовать и переуказать связи (если есть).
Как вариант разработать свою хранимую процедуру, которая удаляет связанные данные в серии таблиц базы проектов и базы Шарапойнт. У мен такой процедуры нет :) может у коллег имеется?