Вести учет в двух файлах! Это невозможно!
Я правильно понял "вести два плана" - это заставлять исполнителей вбивать одну и туже цифру два раза? Нет, это точно не реально.
Таких заказчиков один, но и у директора возникает время от времени желание не просто получать отчет в альтернативной WBS, но и оперативно перепланировать проект в этой альтернативной структуре.
А если генерить файл такой методой: выгружаем в XML, а затем закачиваем, подменив старое WBS на новое?