Рекомендации 2
Естественно. Так как Project Server тоже использует IIS и при его переустановке вы потеряли зарегистрированную виртуальную директорию Project Server'a. Что бы решить данную проблему есть 2 пути:
1) Зайти в оснастку IIS и создать виртуальную директорию ProjectServer. (Local Path: Путь установки/IIS Virtual Root, Documents: [])
2) Переустановить Project Server c подключением к существующей БД (Перед этим в БД смените пароли для MSProjectServerUser И MSProjectUser)