Без Share Point, Project становится урезанным на часть функций, управление: Документами, вопросами, рисками работать не будет. Все остальное будет работать. Но так лучше не внедрять.
Для хранения документов, вопросов , рисков. Данные о проектах, хранятся в базе данных, обычно SQL, данные и конфигурация Share Point - тоже. Могут находиться на разных серверах в сети.
